结束后，孙策命周瑜镇守巴丘，防范占据荆州的刘表东侵。
建安五年四月，孙策遇刺身亡，十八岁的弟弟孙权成为继承人。
当时孙氏政权尚未巩固，阵营中人心不定，周瑜带兵赶来吴郡奔丧，担任中护军，和长史张昭一起把很多行程事务分管起来，全力辅助孙权。
当时孙权只有将军的封号，众人对他的礼节大都很简单，只有周瑜采用君臣的礼节，以示对孙权的支持。
当时鲁肃因为来江东以后没有得到重用，也想要投奔别处。
周瑜引用东汉马援的话当今之世，非但君择臣，臣亦择君来告诫鲁肃，认为孙权会是很有作为的领袖人物。
在周瑜的劝告下，鲁肃打消了离开江东的念头。
不久之后，周瑜把鲁肃推荐给孙权，交谈之后，孙权对鲁肃的见识十分赞赏，由此开始重用。
建安七年，曹操在官渡之战打败袁绍后，下书命令孙权送人质入朝。
孙权便召集群臣会商，大臣们众说纷纭，张昭、秦松等重臣犹豫再三，不能决断。
周瑜坚决反对向曹操屈服，他认为，江东自然环境优越，交通便利，兵精粮多。
具备割据条件，完全不应该向曹操低头，送去人质反而会陷入被动，受到曹操的钳制，不如静观其变，以待天命。
周瑜的意见得到了孙权母子的一致赞同，孙权的母亲还叮嘱孙权说。
周瑜只比孙策小一个月，自己像看待儿子一样看待周瑜，也希望孙权像对待兄长一样对待他。
孙权对周瑜一直非常信任，寒暑赏赐周瑜的衣服都有百领之多，为众将所不及。“周瑜的表现也非常忠诚，曹操曾经派蒋干前去游说周瑜，想让周瑜背孙投曹，但周瑜坚决进行了回绝。”
“回去之后，蒋干称周瑜雅量高致，非言辞所间。”
“周瑜一直为孙权出谋划策，主持军事行动。”
“建安十一年，周瑜亲自征讨麻、保二屯的山越部落，取胜后将俘虏的部落首领一律枭首示众，同时还把一万多人强徙到江东政权的腹心地区。”
“江夏太守黄祖派部将邓龙率数千人进攻柴桑，周瑜率兵出击，俘虏了邓龙。”
“建安十三年，黄祖的部将甘宁归降，周瑜向孙权举荐了甘宁。”
“在甘宁的建议下，孙权进军夏口，周瑜亦被任命为前部大都督，经过激烈水战，孙权军终于攻陷夏口，杀死了黄祖。”
“建安十三年，曹操大军南下，兵锋直指江东。”
“九月，孙权亲临荆州前线，刘备谋臣诸葛亮也赶到柴桑拜见孙权，劝说孙刘联合抗曹。”
“面对曹操的威胁，江东人心恐慌，张昭等人认为应该投降，周瑜反对投降。”
“从政治、军事、经济等各方面进行了分析，认为曹操托名汉相，实为汉贼。”
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“而且有一系列的致命弱点，比如马超、韩遂是一大后患；北方军队不擅水战；”
“易因水土不服而生疾病等。而且曹操号称拥兵八十万，实际兵力不过十五六万人，再加久战已疲，战斗力不会很强。”
“因此周瑜认为，只要拨给他精兵五万，就足以打败曹操。”
“这一系列分析振奋了孙权的精神，他砍去桌案一角，警告说谁再敢说投降的话，下场就和桌子一样。”
“于是孙权任命周瑜、程普为左右都督，率兵与刘备合力抗曹。”
“曹军与孙刘联军在赤壁相遇，曹军果然已经流行疫疾，战斗力受到影响。”
“两军初次交锋，曹军失利，退到江北的乌林。”
“曹操针对北方军士不习水战的特点，采用铁索连接战船的方式，使人马于船上如履平地。”
“针对这一特点，周瑜采纳了部将黄盖的诈降计，决定采用火攻，命其将数十艘战船装满柴草，灌上膏油，再用帷幕和旗帜伪装好，谎称投降，向北岸的曹营进发。”
“当船队来到曹营附近时，黄盖命各船同时点火，当时东南风正急，火势猛烈，火船点燃了曹军战舰，火势很快蔓延到岸上的营垒。”
“整个曹军营地陷入火海之中，曹军将士乱作一团，被烧死、淹死者不计其数。”
“曹操猝不及防，只能率残部逃走，留下曹仁镇守江陵，自己撤回了北方。”
“赤壁之战的胜利，挫败了曹操的南下图谋，加强了孙氏政权在江东地区的割据地位，也使刘备避免了覆亡的危险。”
“经此一战，周瑜的英名传扬天下。”
王阳明：赤壁之战后，周瑜又进军南郡，围攻江陵城。
由于守将曹仁防守严备，城内粮草充足，周瑜派甘宁进攻夷陵，以使曹仁分兵。
甘宁占领夷陵后，曹仁果然分兵数千人来救，甘宁告急，周瑜便留下凌统守卫后方，亲自率军相救。
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